伊菲革涅亚的名字并没有在荷马史诗里出现过。但是，特洛伊战争史诗集群中有关于她的传说。如今所流传下来的有关她的故事，都主要来自古希腊悲剧作品。大多数传说中，她的父亲是阿伽门农，母亲是克吕泰姆奈斯特拉。在有的版本中，她的母亲是克律色伊斯（阿伽门农在特洛伊战争中的战俘）。还有人说她是海伦（克吕泰姆奈斯特拉的姐姐）和忒修斯的女儿。
据说，在攻打特洛伊的时候，阿伽门农曾被狩猎女神阿尔特米斯所嫉恨。女神令大海保持风平浪静，因此，亚该亚人的船队不得不停在阿乌利斯而无法前行。预言家卡勒卡斯说，只有阿伽门农同意向女神献上自己的女儿伊菲革涅亚作为祭品，女神的忿怒才能平息。当时，伊菲革涅亚还在阿伽门农的都城迈锡尼，和她的母亲在一起。
一开始，阿伽门农对这一预言很是不满，拒绝献祭。但是，在众人的劝说下，特别是在他的弟弟美涅拉欧斯以及奥德修斯的劝说下，他终于屈服了。于是，他派人去接女儿，假称要让她和阿基琉斯订婚，但实际上却由卡勒卡斯将她送到了阿尔特米斯的祭坛上。西班牙安普利耶斯的一幅古罗马时期的马赛克镶嵌画，描绘这一献祭场景。
Sacrifice of Iphigenia, Museo de Arqueología de Cataluña – Empúries
但是，在最后一刻，女神对这个女孩产生了怜悯之心，用一头母鹿代替她作为祭品。同时，女神将伊菲革涅亚带到了陶洛伊斯半岛（如今的克里米亚半岛），让她当女神的女祭司。
古希腊艺术中似乎很少使用伊菲革涅亚这个题材，陶器中鲜有描绘。古希腊画家提曼忒斯曾在公元前四世纪绘制过一幅画《伊菲革涅亚的牺牲》，老普林尼曾介绍过它，可惜这幅画没能保存至今。但是，庞贝古城中悲剧诗人之家有一幅壁画，据说是提曼忒斯作品的复制，如今藏在那不勒斯国立考古博物馆中。奥德修斯和狄欧麦德斯抬着伊菲革涅亚，送到祭司卡勒卡斯那里。阿伽门农把自己整个包在斗篷里，不忍看这一幕。狩猎女神阿尔特米斯（即古罗马神话中的狄安娜）骑乘一头母鹿从天而降，用这头母鹿赖代替伊菲革涅亚。
Sacrificio di Ifigenia, Museo Archeologico Nazionale di Napoli, 9112
这个故事有许多版本，但是万变不离其宗。
在有的版本中，献祭的地方不是阿乌利斯，而是阿提卡地区的布劳隆，代替伊菲革涅亚的也不是一头母鹿，而是一头熊。在献祭的过程中，伊菲革涅亚本人也被变成了一头公牛、一头小牝牛、一头母熊或者一个老妇人，然后就以这样的形象消失了。这是因为，当时，所有的人都不忍心看献祭的那一幕，因此全都扭过头去，所以没有人看到她消失的场景。还有更加“理性”的版本说，突然之间来了一头动物——公牛、小牝牛、母鹿等等——或者一个老妇人，打断了献祭。祭司将其视为预兆，因此宣布不再需要献祭，而伊菲革涅亚就这样得救了。
大希腊地区的阿普利亚（今意大利）的一个红彩涡耳混酒瓶也描绘了这一献祭场景，如今藏于大英博物馆。可以看到，伊菲革涅亚正在变成一头鹿。
Apulian red-figure volute-krater, BM, 1865,0103.21
巴洛克时期的意大利画家乔凡尼·巴蒂斯塔·提埃坡罗为意大利维琴察市附近的瓦尔玛拉纳庄园绘制过一幅巨型湿壁画，描绘伊菲革涅亚的牺牲场景。
Giovanni Battista Tiepolo, Sacrificio di Ifigenia, Villa Valmarana, Vicenza
在陶洛伊斯半岛，伊菲革涅亚连续多年担任阿尔特米斯的女祭司，为女神服务。当因发生海难而有外族人来到半岛时，伊菲革涅亚负责将这些外族人当作祭品献祭。有一天，她在外族人中发现了她的弟弟欧雷斯特斯和表弟皮拉德斯。这两个人想要获得阿尔特米斯的雕像，于是前往德尔斐求问神谕，神谕告诉他们需要前往陶洛伊斯半岛寻找。两人来到这里，却被陶洛伊斯半岛国王托阿斯的手下抓了起来，送到了祭台上。两个人中必须有一个人需要充当祭品牺牲。这两个好朋友吵了起来，争先恐后的要为对方而死。就在这个时候，伊菲革涅亚认出了弟弟，救了两个人。荷兰画家彼得·拉斯特曼曾描绘这一场景，他的《欧雷斯特斯和皮拉德斯在祭台前争吵》目前藏于阿姆斯特丹国家博物馆。
Pieter Lastman, Orestes and Pylades Disputing at the Altar, 1614, Rijksmuseum, SK-A-2354
庞贝古城百里长之家（IX 8,3-6）有一幅古罗马湿壁画，描绘伊菲革涅亚偷雕像的场景。左边，皮拉德斯靠着祭台而站，中间的欧雷斯特斯坐在祭台上，伊菲革涅亚从神庙中走出，手里拿着雕像。
Ifigenia in Tauride, Casa del Centenario (IX 8,3-6), Pompeii
之后，伊菲革涅亚和他们一起逃往希腊。
另一个故事发生在逃回希腊的路上，索福克莱斯的悲剧《克律色斯》（今已遗失）曾详细描写。伊菲革涅亚、欧雷斯特斯和皮拉德斯三人在特劳阿斯地区靠岸，来到斯敏托斯城，克律色斯曾在这里担任阿波罗的祭司。克律色斯的女儿克律色伊斯被希腊军队俘虏时，曾与阿伽门农生了一个儿子，也叫克律色斯，他继承外祖父担任大祭司。人们都认为他是阿波罗的儿子。本来，三人逃到斯敏托斯城的时候，克律色斯想把他们交给陶洛伊斯半岛国王托阿斯。这时，他的外祖父把他是阿伽门农的儿子的秘密告诉了他。于是，克律色斯杀死了托阿斯，跟着姐姐和哥哥一直来到了迈锡尼。
另一个故事中，伊菲革涅亚的母亲是克律色伊斯，在阿伽门农夺取特洛伊并胜利回程的路上，斯基台海盗将她掠走。
还有一个极为反常的故事，在这个故事里，伊菲革涅亚的父亲是忒修斯，母亲则是海伦。在海伦结婚前，忒修斯曾抢走海伦，并有了这个女儿。狄奥斯库洛伊兄弟把海伦救了回来，海伦坚持说自己还是处女。后来，她偷偷生下了这个女儿，并把她交给了妹妹克吕泰姆奈斯特拉，后者将她视为己出。
有的传说认为伊菲革涅亚死在美伽拉，这里曾有她的圣所。有的传说认为，阿尔特米斯赐予她永生，变成了暗月女神赫卡特。还有传说认为，她在多瑙河河口处的雷乌克岛（传说中的岛）与阿基琉斯结婚——于是，阿伽门农最初的借口终于成真。
古希腊文：Ἰφιγένεια
拉丁文、英文：Iphigenia
意大利文、西班牙文：Ifigenia
法文：Iphigénie
德文：Iphigeneia
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